C.E.71年7月24日、地球連合軍がジブラルタル基地に侵攻。カサブランカ沖にてグーン、ゾノの水中MS部隊が、ジェーン・ヒューストン率いる少数のフォビドゥンブルー、ディープフォビドゥンらにより壊滅状態に陥れられた。
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これによりザフトは、地球軍の侵攻を防げなくなりジブラルタル基地を放棄せざるを得なくなり、ヨーロッパから撤退することになる。以後、戦局は大洋州連合方面に移行することとなる。
八・八作戦
第二次カサブランカ沖海戦の成功の流れに乗り、地球連合がコズミック・イラ71年8月8日カーペンタリア基地を最終目標として発動。
第1弾としてビクトリア基地より打ち上げた軌道上のMSを降下させる「エアーズロック降下作戦」を開始、降下したオーストラリア内陸からの地上部隊と太平洋艦隊による挟撃でカーペンタリア基地の陥落を企図する。しかしこの作戦は長引き、戦争終着まで決着がつくことはなかった。
尚このころからビクトリア宇宙港から続々とMSや人員、物資などが月面プトレマイオス基地に送り始められる。
エルビス作戦
C.E.71年9月11日、地球連合軍司令部はプラント本国攻撃を最終目標としたエルビス作戦を発動。極秘裏に各方面より戦力を結集させる。
ボアズ攻略戦
C.E.71年9月23日、地球連合軍がエルビス作戦の発動に伴いプラント最前線の宇宙要塞ボアズ（旧東アジア共和国資源衛星 新星）攻略の為に行った戦闘。
地球軍は第6、第7機動艦隊が参加し、モビルアーマーのメビウスに加えストライクダガーを投入しボアズへ侵攻。対するザフトのボアズ守備部隊は従来のジン、シグー、量産機では初めて小型ビーム兵器標準装備のゲイツで迎え撃つ。
宇宙空間でのMS戦においてはザフト側に一日の長があり、数と装備の不利にもかかわらず善戦し、当初は優勢に戦いを進めていたが、ドミニオン所属のカラミティ、フォビドゥン、レイダーやガンバレルダガーからなる105ダガー隊らによって戦線を崩され、ボアズへの道を開かれてしまい、そこにメビウスで構成された核攻撃隊であるピースメーカー隊の核攻撃によってボアズは壊滅した。
再び行われた核攻撃に憤怒したパトリック・ザラ議長は極秘裏に建造された最終兵器ジェネシスの使用に踏み切る。
第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦
C.E.71年9月26~27日に、プラントの最終防衛ライン、ヤキン・ドゥーエ宙域で行われた地球軍、ザフトの事実上の最終決戦。パトリック・ザラがザフト全部隊の指揮を行っていた。
地球軍は核攻撃部隊 ピースメーカー隊によるプラント本国へ核ミサイル攻撃を行うも、後方に部隊を配置していたイザーク・ジュール率いるジュール隊、介入してきたラクス・クラインら三隻同盟に阻止される。その直後、ミラージュコロイドで隠匿されていたジェネシスの第1射で地球軍はプラント攻略部隊総旗艦「ワシントン」を含む戦力の40%以上を撃破される大打撃を受け、デブリベルトに一時後退を余儀なくされ、またザフトの追撃で更に多くの艦船とモビルスーツを失った。
地球軍はあまりの損害に月面プトレマイオス基地への撤退を考慮するも、ドミニオンに乗艦していたブルーコスモスの盟主ムルタ・アズラエルはジェネシスの威力を恐れ再度の総攻撃を指示。残存戦力の再編後地球軍は再度の進行を開始。
翌27日のジェネシスの2射目で、補給を兼ねた第2陣諸共プトレマイオス基地が消滅。アズラエルはこれに憤慨し、ピースメーカー隊による再度のプラント核攻撃を行うも、フリーダム、ジャスティスらに阻まれフォビドゥン、カラミティが相次いで撃墜、さらにピースメーカー隊も母艦「ドゥーリットル」を含め全滅。この時点でプラント本国への攻撃が不可能となり地球軍の勝利は潰えた。また地球連合を実質指導していたアズラエルもアークエンジェルのローエングリンによりドミニオンを撃沈され死亡した。
だが、ザフトの実質的勝利が決まってもパトリック・ザラはジェネシスによる攻撃を中止しなかったため、残存の地球軍艦隊はジェネシスの破壊に奮戦する。
ついに地球（厳密に言えば大西洋連邦首都ワシントンD.C.）に照準を定めるが、地球に向けたジェネシスの発射と射線上のザフトの部隊をも巻き添えにしようとするパトリックのやり方に疑問を抱き、パトリック本人に地球への照射の中止を具申した直後にパトリックに銃撃されたザフト兵レイ・ユウキが、息絶える直前でパトリックを射殺する。これにより戦意を喪失したザフト兵達はヤキン・ドゥーエを放棄する。
しかしパトリックは、死の間際にジェネシスの発射に連動したヤキン・ドゥーエの自爆システムを作動させていた。そのため、ヤキン・ドゥーエは内部爆発により崩壊し、要塞としての機能のほとんどを失った（なお、ジェネシスは発射直前にジャスティスの自爆により破壊されている）。
この戦闘の直後、レジスタンスにより救出されたアイリーン・カナーバら旧クライン派により地球連合に停戦が申し込まれている。
―― ここまで『機動戦士ガンダムSEED』上での出来事 ――
南アメリカ独立戦争
C.E.71年11月、前年の2月に大西洋連邦によって併合されていた南アメリカ合衆国が大西洋連邦からの分離独立を宣言し勃発した紛争。
南アメリカ合衆国は、ストライクダガーを主力としたMS部隊を保有しており、大西洋連邦はそれに対する形でプラント制圧部隊として待機していたダガーLを中心とした大部隊を派遣した。
主戦場に南米の森林地帯が含まれるため、政治的な理由によりMSの火力には制限があり、戦局は局地戦に終始し、装備もソードストライカーなどの近接戦装備に限定される事になった。
地球連合軍のトップエース「切り裂きエド」ことエドワード・ハレルソンが乗機ソードカラミティと共に連合を脱走・南アメリカ軍に合流した事で一躍マスコミの注目を集め、地球連合軍もエースパイロット、モーガン・シュバリエ、レナ・イメリアをエドワードの刺客として投入し、その対決をエドを主人公にしたニュースショー的な報道がされた。
その後、南米で修行していたバリー・ホーやエドワードに破れ和解したジェーン・ヒューストンも南アメリカ軍に加勢した。また、紛争末期にはザフトがユニウス条約の批准を名目に介入していた。
紛争はユニウス条約締結まで続き、それにより南アメリカ合衆国の独立自治が認められた。ただし、パナマ基地は引き続き地球連合軍の勢力下に置かれた。また、南アメリカ合衆国政府は地球連合に加盟している。
なお、紛争以前から駐留していたザフトの監視部隊は条約施行により撤退した。
ユニウス条約締結
C.E.72年3月10日、地球連合とプラント間に停戦条約としてユニウス条約締結が締結。
条約では、地上の国境線をコズミック・イラ70年2月10日以前へ戻す事や、ニュートロンジャマー影響下においても核兵器の使用を可能とする「ニュートロンジャマーキャンセラー」や、大量殺戮兵器ジェネシスの隠匿に使用された「ミラージュコロイド」の軍事利用を禁止し、人口、国民総生産、失業率といった両国の国力を基準に戦艦やMSの生産・配備数の制限を設ける等の軍縮規定などが制定された。
この条約により大西洋連邦に併合されていた南アメリカ合衆国の分離独立が認められ、オーブも自治権を回復した。ザフトはカオシュン基地を東アジア共和国へ返還、さらにカーペンタリアとジブラルタル以外の拠点からの撤退を余儀なくされた。戦力数からも地球連合有利な条約で、プラント側には不利ではあったが、戦争の起点地でもあるユニウスセブンで条約が締結されたことによりプラントの面目は保てるとのことで締結された。
しかしながら、多くの犠牲を払った大戦が終結した後も両者の間のわだかまりは消えず、地球連合は大西洋連邦のアーヴィング大統領が任期切れとなり直後の大統領選挙でジョゼフ・コープランドが大統領に選出される。
また、プラント側が不利となったこの条約の締結に合意した為にプラント内から批判を浴びたプラント暫定評議会はアイリーン・カナーバ議長以下、暫定評議会は総辞職した。
ちなみにこの頃から両者共に戦力の再編、新型MS・MAの開発など次の開戦に向けて準備を始めている。
地球連合側は宇宙における最重要拠点のプトレマイオス基地と戦力の大半をジェネシスで失い、またプラント攻撃の実質的指導者というべきムルタ・アズラエルが死亡したことによって停戦へと傾いた。一方ザフト側も最終兵器のジェネシスと徹底抗戦を主張していたパトリック・ザラ議長を失った事により穏健派が実権を握り停戦を申し入れ終戦に向けて講和会議が開催されることとなった。
会議は南アフリカ統一機構の首都ナイロビで行われ「ナイロビ講和会議」と呼ばれるようになる。地球連合はプラントに対する「国家としての」独立と引き換えに軍事力の放棄を迫るがプラントは断固拒否。会議はその後数ヶ月に及び、その間に南アメリカ独立戦争が勃発する。
会議が進展しない中スカンジナビア王国外相リンデマンが一つの提案をした。「お互いの国力に応じた軍事制限」を基本とする「リンデマン・プラン」である。とりわけ人口が大きなパラメーターとなるために地球連合側有利（制限が有っても無くても国力や兵器保有量は地球連合が大となる）となっている。プラント側には不利に見える内容であったが、技術的な自信やその他の部分で地球連合側の譲歩を引き出させた事、さらに前大戦の悲劇の地であるユニウスセブンで条約締結が結ばれる運びとなり、条約を受け入れる事になった。
条約案
リンデマン・プラン（スカンジナビア王国外相リンデマンの提案）の遵守
モビルスーツ、モビルアーマー、戦艦の数は人口、GDP、失業率等のパラメーターにより算出される。
双方賠償金はなし。
戦犯は国家ごとに独自に裁判にかける（国際法廷は開かない）。
プラントは地球上の占領地を無条件で放棄（軍事基地については扱いは別。ただし実際には、軍事基地の無い占領地というものは無かった）。具体的には、「ジブラルタルとカーペンタリア以外の地上拠点を放棄した」[2]。このため大規模軍事基地を月面に置く地球軍側に対抗するための防衛ラインは、プラント本国周辺に展開するしかなかったという[2]。月面に新たな基地を建設することも条約では認められてはいたが、何故か実施はされなかった。「ジブラルタルとカーペンタリア以外の地上拠点を放棄した」はずなのに、ディオキア基地、マハムール基地、マルマラ軍港が『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』になぜ登場するのかについては、不明である。
旧プラント理事国への関税優遇措置（非理事国との差は以前ほどではない）。
双方、リンデマン・プラン遵守の査察を無条件・無制限で受け入れる。
MS等、兵器へのニュートロンジャマーキャンセラーの搭載禁止。
ミラージュコロイド技術の使用禁止。
プラント及びザフト側条約監視団常駐基地や在地球公館の所在地として、ジブラルタルやカーペンタリアの使用を認める。
地球連合及び連合加盟国側の条約監視団常駐基地や在プラント公館として、ザフトの軍事衛星の一つを提供する。
プラント近くの軍事衛星が提供される。
月は全域を中立地帯とするが、双方同数の拠点を置くことを認める。
地球連合は後にアルザッヘル基地を建設。
地上の国境線および国家を戦前のコズミック・イラ70年2月10日の状態に復旧する。
条約により、地球上に展開していたザフトは、ジブラルタル基地やカーペンタリア基地などの条約監視団常駐基地や在地球公館として使用される拠点を除いて地上より撤退し、それ以外の拠点は放棄する事になった。
また、地球連合の監視下にあったオーブ連合首長国及び南アメリカ合衆国は条約の発効により独立国家へと戻っている。
政治面の影響
ユニウス条約は、プラント側が不利な内容のため、プラント臨時評議会は紛糾し条約締結後にアイリーン・カナーバら臨時評議会は総辞職し、ギルバート・デュランダルを議長とする新評議会が発足している。
一方、地球連合を実質指導する大西洋連邦では、アーヴィング大統領の任期切れにより次いで行われた大統領選で軍産複合体「ロゴス」との結びつきが強いジョゼフ・コープランドが選出されている。
軍事面
条約によりMSの配備数が制限された事で、以前にも増してMSには多用途性が求められるようになり、ザフトでは装備の換装や変形によりさまざまな状況に対応可能な「ニューミレニアムシリーズ」や「セカンドステージシリーズ」と呼ばれるMS群の開発が進められた。また、核エンジンに代わる機体エネルギー確保の手段として「デュートリオンビーム送電システム」が開発された。
地球連合軍は、ストライクの武装換装システムを引き継いだ廉価量産機ダガーLや、さらにストライクと同等の性能を維持した完全量産機ウィンダムを開発した。また、単機の攻撃力を極限まで高めた大型機動兵器を主力とする構想の元、ザムザザーを初めとした大型MAを次々に開発した。